Причины дисбактериоза могут включать нерациональное использование антибиотиков, гормональные изменения, стрессы, неправильную гигиену, заболевания, передающиеся половым путем, и нарушения иммунной системы. Также может способствовать использование определенных гигиенических средств и спринцеваний.